胞嘧啶碱基编辑器(Cytosine Base Editor, CBE)是一种由dCas9蛋白、sgRNA、胞嘧啶脱氨酶(Cytidine Deaminase)和尿嘧啶DNA糖基化酶抑制剂(Uracil DNA Glycosylase Inhibitor, UGI)四个成分组成的先进基因编辑工具。这些组分在细胞内成功组装成融合蛋白,并在sgRNA的引导下与基因组DNA结合,形成单链结构的暴露区域。胞嘧啶脱氨酶随后将单链上的胞嘧啶(C)转化为尿嘧啶(U),通过DNA复制或修复,实现由C-G碱基对到T-A碱基对的直接替换。
基于CBE过程中生成的脱氧尿嘧啶(dU)这一特性,研究人员设计出名为Detect-seq的脱靶检测技术。这一技术首先从经过基因编辑的细胞中提取基因组DNA,然后将CBE导致的dU进行生物素标记以富集目标片段。与此同时,在dU位点下游,将正常的胞嘧啶(C)替换为5-醛基胞嘧啶(d5fC),后者被化学标记为胸腺嘧啶(T)。在后续的测序过程中,研究人员可以检测到多个C-to-T的突变,从而快速定位编辑位点。
与GUIDE-seq、Digenome-seq和Cas-OFFinder等技术相比,Detect-seq在灵敏度、特异性及检测无偏好性方面表现更为卓越。该技术不仅可以检测Cas9依赖型和非依赖型的脱靶,还能够监测sgRNA结合区域以外的编辑(out-of-protospacer edits)及靶向链编辑(target-strandedits)上的脱靶。
过去两年,Z6·尊龙凯时致力于构建一站式基因编辑安全性评估平台,涵盖靶点设计、靶点筛选、GUIDE-seq脱靶检测(cellular-based assays)、AID-seq脱靶检测(biochemical assay)、Detect-seq脱靶检测、脱靶验证、PEM-seq染色体重排检测、载体插入位点检测(升级版LM-PCR及液相杂交捕获测序)、克隆扩增分析、转录组脱靶检测及WGS脱靶检测等多条技术线路。
此外,Z6·尊龙凯时实验室持有SGS认证、ISO9001质量体系认证以及生物安全二级实验室等资质认证,能够持续稳定地为客户提供高质量、高效率和安全的服务及产品。